明治32年創立(創立の際、札幌神社と名称を附けむとせるも官幣大社と同称なるを以て許可ならず、村を附せり、とある)。明治33年11月1日創祀、一村の氏神として崇敬する為、村民一同協議の上、明治34年9月出願同年許可される。明治34年石狩国札幌郡札幌村大字札幌村の地主、高木長四郎が、札幌村神社敷地として、畑地2反1畝22歩を寄附。祭神は現北海道神宮（旧官幣大社札幌神社）より、大國魂神、大己貴神、少彦名神の3神を奉斎し札幌村神社と称した。昭和9年4月1日、行政区割変更に依り札幌市に編入。札幌市北14条東14丁目23番地と変更。昭和46年11月札幌市の区画整理事業により、現在地札幌市東区北16条東14丁目40番地に奉遷す。旧社殿は昭和5年9月改増。昭和21年、宗教法人となる。昭和58年4月本務神社となる。（平成8年10月28日札幌市の住居表示制度により、札幌市東区北16条東14丁目3番1号に変更）。平成19年8月新社殿造営す。