安政5年箱館総社八幡宮神主菊池大蔵重賢より蝦夷地の中に当社八幡宮の末社を勧請し、蝦夷地惣鎮守として宮祠造営されるよう箱館奉行に願い出たのを始めとする。安政5年石狩町川東町（現在の八幡町）に石狩八幡宮を建立する。明治3年御神体を神祇官において点検、点状を下渡される。明治7年有志と協議の上弁天町の現在地に奉遷し現在地の稲荷大神を相殿に祀る。明治8年石狩郡郷社となる。明治34年本殿等を新築。大正4年神饌幣帛料供進神社に指定される。戦後宗教法人となる。