明治20年5月20日、陸軍屯田兵歩兵第一大隊第三中隊が開拓使札幌本府の北方、新琴似の地に入植し、入地後ほどなく中隊本部（現在・札幌市有形文化財指定）の東方、浄泉の湧き出る四神相応の浄地を相してその社地と定め、小規模ながら、天照皇大御神・豊受大神・神武天皇の三柱の神を奉斎する神祠が営まれ、開拓の守護神として御鎮斎されたのが、新琴似神社の創祀である。明治39年5月19日、奉遷式（奥殿造築）斎行。大正2年9月21日、奉遷式（社殿御造営）斎行。大正6年3月3日、内務省より創立許可。大正14年6月30日、村社列格。同年9月11日、神饌幣帛料供進神社指定。昭和6年12月25日、社務所新築竣功。昭和28年2月27日、北海道より宗教法人（神社本庁包括）認証。昭和40年10月20日、本殿遷座祭（社殿・社務所改築）斎行。同年11月8日、奉祝臨時大祭斎行。同年11月18日、祖霊殿鎮座祭斎行。昭和60年9月15日、社務所改築竣功。平成18年9月19日、本殿遷座祭（社殿・社務所増改築）斎行。同年9月23日、祖霊殿遷座祭斎行。平成19年6月20日、御鎮座百二十周年記念大祭斎行。平成27年9月23日、祖霊殿鎮座五十年式年大祭斎行。平成29年6月5日、鎮座百三十年記念大祭斎行。