明治5年伊達邦直公は家臣と共に厚田村シップから当別に移り開拓記念樹の傍らに小社を奉遷し阿蘇神社と称し8月15日を例祭日と定める。同24年1月12日邦直公は58歳で卒去され、翌年旧臣等の篤い敬慕の思いにより内務省へ神社創立の願いが出され同29年認可となり同年8月15日奉斎する。大正5年7月20日村社、同9年開基50年に当り社殿を造営。昭和42年社名を当別神社と改称し、同44年町開基100年の前年に45坪の社殿を再度造営する。

平成8年、邦直公奉斎100年を記念し大祭を斎行。同18年、110年を記念し、社務所を改築し現在に至っている。