安政元年、ハママシケ運上家のホンクンベツ番屋番人、今伊六が奉斎したことに始まる。当時は伊六稲荷と称していたという。当初はホンクンベツ番屋の北側の南向斜面山腹を整地して社を建立、80段の石段を設けていた。明治38年に地域住民の寄附により社殿を改築、毎年の鰊漁の時期には大漁祈願祭で連日賑わいをみせていた。大正2年12月28日、村社に列せられるが、昭和30年以降、鰊も姿を消し漁場は荒廃した。この後、集落は奥地へと発展したため、同44年に現在地に奉遷された。神職は、高橋乙吉、南茂市、南和宏と奉仕されてきたが、浜益村議会議員でもあった南和宏宮司が昭和41年1月24日に死去してから宮司欠員神社となっている。