手稲村の移住民は札幌神社に参拝することを常としていたが、冬季・農期の参拝の不便さを感じ村中250戸にて明治29年12月26日札幌神社正式遥拝所設立を出願、翌年9月4日許可された。軽川遥拝所として崇敬されたが、村勢の高揚により同31年9月10日に神社に引き直しの儀出願、翌32年5月18日に許可され手稲神社と公称する。大正6年8月23日村社列格、昭和16年4月1日郷社列格。大正元年9月30日稲穂神社合祀、昭和47年10月8日小樽内川稲荷神社合祀、昭和48年10月13日新川神社合祀。明治37年3月28日に神社公称許可以後初の社殿御造営が行われ、昭和9年、昭和48年と過去3回社殿造営が行われ、平成21年に御鎮座110年を迎え銅板屋根葺替を始めとする殿内改修工事を行った。また社務所も昭和9年と昭和46年に加えて、御鎮座100年を記念し平成11年に現社務所を新築し、合計3度造営工事が行われた。

昭和22年10月8日手稲山頂に手稲神社奥宮を建立した。

合祀された御祭神

稲穂神社　天照皇大神、豊受大神　大正元年9月30日合祀・小樽内川稲荷神社　倉稲魂神　明治38年創祀　昭和47年10月8日合祀・新川神社　菅原道真公　昭和48年10月13日合祀