明治5年花畔村に入植した南部団体の人達により花畔北8線に小祠を建立し、花畔村金刀比羅神社と称したのが始まりである。明治27年8月に花畔村北8線2番に遷座し花畔神社と改称する。その後昭和46年石狩湾新港開発計画により花畔北11線に移転すると共に相馬妙見太田神社、花畔瑞穂神社を合併・合祀し、今に至る。

合併により合祀された歴史をもつ御祭神

相馬妙見太田神社　天御中主神　昭和46年合祀・花畔瑞穂神社　昭和46年合祀