明治4年開拓使黒田清隆らが奨励して神道信奉者の祖霊祭祀のため曉野共葬墓地入口に霊祠を建てる。同10年札幌神社の禰宜若林嘉倫を初代神主とする。同18年札幌神社より御祭神の分霊を奉斎、祖霊社本殿を落成し別称号を東雲祠とも言う。屯田兵開拓移民の神道に改葬改宗の斎場として現在に至る。同44年前年失火焼失のため新社殿竣功。大正8年社殿廻廊増築、石垣玉垣の建造、同15年石造鳥居竣功。昭和28年宗教法人認可、同36年創立九十年記念奉祝祭、社殿増築。同43年氏子会館（4階建）社務所集会所を含む建造。同46年創立百周年記念奉祝祭で百年記念誌配布。同51年拝殿・霊殿増改築。同56年創立百十年奉祝祭において鋼製鳥居新築および境内造成整備を行う。平成3年創立百二十年奉祝祭において社殿屋根修築。平成7年、境内地60坪を拡張。平成13年創立百三十年奉祝祭にて社殿内外補修、祭器具補充、境内地・樹木の整備、その他