明治18年北海道開拓の為、熊本県より入植した屯田兵の守護神として江別市飛鳥山の地に一宇を建立。次いで明治24年出雲大社より大国主大神を奉戴、明治28年に現在の萩ヶ岡に遷座。大正4年、大正天皇御即位の大典記念事業として社殿、社務所を造営し、この機に神宮より天照大神を奉戴、主祭神として祀った。大正6年6月7日内務大臣より神社創立の認可を受け（内務省5－北社第19号）次いで同年6月30日付で村社に列し、大正15年5月12日郷社に昇格した。戦後、神道指令に基き宗教法人江別神社として新発足し昭和59年、御鎮座百年記念事業として現在の社殿を造営。