昭和30年代に入り急速に宅地開発が進んだ野々沢部落の人々により、昭和36年9月、既にあった馬頭観世音碑の隣に「下藤野神社」と書かれた木の標柱が建てられ、馬頭観世音祭に合わせ神事が行われた。昭和47年に同地区の含笑寺観音堂建て替え時の古材を利用し、部落民の労力奉仕で社殿が完成。同年9月23日、北海道神宮の御祭神を祀った。昭和48年8月に「有志のみでの神社運営は困難である」との意見により、各単町選出者を委員とした「下藤野神社管理運営委員会」を発足。昭和49年に運営委員会は総代制を取り入れ「下藤野神社奉賛会」と改称。同年9月に社務所造営。昭和51年8月、「下藤野」という地名はないことと、藤野沢地区に「藤野神社」が存在したことから、神社名を「札幌藤野神社」に改称した。昭和52年9月大鳥居献納（藤本繕三氏）、同年12月本殿新築・拝殿内部造営。昭和54年4月社務所造営（旧社務所は神輿庫として移設）。昭和55年8月第二鳥居建設。昭和63年12月大鳥居（第一鳥居）を造り換える。平成4年9月創立20年事業として社号標建立。平成6年9月手水舎完成。平成9年9月社務所を新築、また本殿横に斎館を新築。平成20年9月法人格取得・第一鳥居改築。平成24年9月宮司・代表役員に北海道神宮宮司吉田源彦が兼務宮司として就任。平成25年11月神社本庁の被包括法人となる。