明治3年、庚午(かのえうま)の年に入植したので「庚午一の村」と呼ばれ、明治4年5月になって開拓判官岩村通俊によりアイヌ語で小さな沢を意味する「ナイボ」から「苗穂村」と名付けられたこの地は着々と開拓の歩みが進められた。人口が増え、集落が形を確かなものにすると、人々は心の拠り所としての「神」を迎えるべく「やしろ」の設立に力を合わせ、札幌神社より御祭神「少彦名神」の分霊を受けて「苗穂神社」が創建されたのは明治30年8月27日のことである。明治35年には創立時の木製の鳥居を軟石の石鳥居に改築。昭和11年、昭和天皇が北海道に行幸されることになったのを機に翌昭和12年10月16日社殿を改造営する。昭和52年8月25日創建80年を記念して社殿を改造営する。平成8年創建100年を迎え11月5日鎮座百年記念大祭を斎行する。