明治4年3月岩手県水沢の旧藩士を主体とする65戸203人の入植者が、現在地(平岸天神山)を神社予定地としてその筋の貸し付けをうけ札幌神社の遥拝所として祭事を執行。明治35年1月、福島県相馬郡鎮守相馬太田神社の崇敬者が、御分霊を奉遷し、札幌郡豊平町5番地に仮神殿を設け奉斎す。初代社掌三橋國吉を始め、総代3名が北海道庁に神社創立を出願。明治41年10月27日、神社創立認可を賜る。明治42年11月27日、本殿落成遷座祭を斎行、豊平町平岸村47番地に鎮座。大正5年に現在地の平岸天神山に神社を移転。昭和3年には御本殿を改築し、本殿落成遷座祭を斎行す。昭和33年9月4日、創立五十周年記念祝祭典斎行。平成19年8月25日、創立百周年記念事業『御社殿改修工事』竣工。本殿遷座祭斎行す。平成20年6月24日、相馬神社創立百周年記念大祭並びに記念式典祝賀会斎行。変貌していく平岸・澄川両地区の鎮守として変わらずに信仰・崇敬され現在に至る。